Одним из важнейших аспектов любой операционной системы является работа с файлами. В Windows 95/98/NT функции доступа к файлам и дискам значительно расширены по сравнению с MS-DOS за счет использования 32-разрядных чисел и поддержки сразу несколько файловых систем: FAT (file allocation table, таблица размещения файлов), NTFS (файловую систему NT) и CDFS (файловая система CD-ROM).